香港特区食物及卫生局局长陈肇始1月4日表示，香港累计已出现7宗感染不明肺炎个案，其中4人已经出院，其余3人情况稳定。
同一天，特区政府公布“对公共卫生有重要性的新型传染病准备及应变计划”（应变计划），宣布启动“严重”应变级别。
据特区政府新闻公报消息，应变计划有三个级别，即戒备、严重及紧急，按照可影响香港的“对公共卫生有重要性的新型传染病”的风险评估，及其对社会造成的健康影响而启动。
国家卫生健康委员会此前通报，武汉出现不明原因的病毒性肺炎病例群组个案，特区政府遂作出风险评估并启动“严重”应变级别。在该级别下，“对公共卫生有重要性的新型传染病”对市民健康的实时影响属于中等。
据香港无线新闻（TVB）4日报道，食物及卫生局局长陈肇始表示，截至4日凌晨，医管局共收到七宗曾到武汉、返港后不适的怀疑感染不明肺炎个案。其中三人仍留院，情况稳定。3名患者对甲型(H3)流感病毒呈阳性反应，医院、医院留医。
陈肇始表示，全部7人都没有到过武汉当地湿街市（海鲜市场），并非严重肺炎；又称与国家卫健委有既定沟通机制，不排除派人到武汉了解情況。
1月3日，林郑月娥在陈肇始（右）陪同下视察高铁西九龙站预防措施
与此同时，香港各口岸已加强防控措施，据香港《文汇报》报道，香港特首林郑月娥3日在陈肇始陪同下，到高铁西九龙站视察出入境口岸所采取的预防措施，包括提供健康信息、以红外线热像仪对入境人士进行体温监测，以及跟进发烧的旅客。
林郑月娥表示，虽然香港目前并未发现与武汉相关的严重肺炎个案，但特区政府已从多方面加强防控措施，包括出入境口岸的健康监察和卫生措施，医管局和卫生署也已通知医护人员保持警惕。香港国际机场昨起增设红外线热像仪，专为由武汉抵港航班旅客作体温监测另据武汉市卫生健康委员会3日下午消息，截至年1月3日8时，共发现符合不明原因的病毒性肺炎诊断患者44例，其中重症11例，其余患者生命体征总体稳定。目前所有病例均在武汉市医疗机构接受隔离治疗，已经追踪到名密切接触者并行医学观察，密切接触者的追踪工作仍在进行中。
大部份病例是武汉华南海鲜批发市场的商户另据澳门日报报道，1月1日起已在澳门国际机场对来自武汉航班的乘客进行体温筛查。
为加强对各陆路口岸入境车道人员的卫生检疫措施，由1月4日凌晨起，澳门卫生局已经由治安警察局辅助人员协助对关闸、港珠澳大桥、跨工区和莲花等陆路口岸的入境车道司机、旅客进行体温筛查。
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